Margherita nasce a Laviano, in provincia di Perugia, nel 1247, suo padre si chiamava Tancredi e coltivava, con discreto successo, alcuni terreni di proprietà del Comune di Perugia. All’età di nove anni Margherita rimase orfana della madre.
Suo padre si risposò, ma la “nuova mamma” si rivelò per lei una matrigna. A sedici anni conobbe un giovane nobile e ricco, di Montepulciano, passato alla storia come Arsenio, a diciotto va a convivere con lui, che non la sposa, neanche quando lei lo rende padre di Jacopo. Nove anni dopo Arsenio muore assassinato. I parenti di lui scacciano lei ed il bambino, né miglior accoglienza trova tornando dai suoi. Allora Margherita prese Jacopo e, vestita a lutto e lacera, si avviò verso Cortona, decisa ad intraprendere la strada della penitenza, dell’umiltà, della preghiera e del servizio ai più poveri. San Francesco era morto da poco ed il vento del francescanesimo soffiava ancora anche in quegli anni, e Margherita si lasciò trasportare… Infatti arrivò fino al Convento dei Frati, decisa a chiedere il saio della penitenza ed iniziare così, decisamente e pubblicamente, una nuova vita. Il frate guardiano, però, non la pensava allo stesso modo,
perché, secondo lui, l’aspirante alla penitenza era troppo giovane e troppo bella. Dopo tre anni di insistenza, Margherita fu ammessa nel Terzo Ordine Francescano (ora Ordine Francescano Secolare, OFS), vestendo il mantello penitenziale.
Le fu concessa una piccola cella a fianco della Chiesa di San Francesco di Cortona e visse di penitenza durissima, di preghiera e di servizio agli ammalati poveri, visitandoli e curandoli a domicilio, scoprendo così in se stessa una volontà ed un talento di organizzatrice che neppure lei sapeva di possedere. Infatti raduna intorno a sé un gruppo di volontarie (le Poverelle) ed insieme a loro organizza una rete fittissima di carità per chiunque ha bisogno di aiuto. Riesce a contagiare nel suo progetto caritativo le famiglie nobili della zona, che mettono a sua disposizione somme ingenti con le quali, nel 1278, riesce ad aprire il primo ospedale per i poveri di Cortona, l’Ospedale Casa di Santa Maria della Misericordia, ancora esistente, diventando per i malati non solo infermiera, ma anche amica, confidente e, all’occorrenza, anche cuoca e questuante: insomma fa di tutto per chi non ha nulla, neppure la salute. L’assistenza è assicurata dalla Confraternita delle “Poverelle” e dai Mantellati, per la quale aveva scritto gli Statuti, di chiara impronta francescana, ed alla quale, soprattutto, offre la testimonianza della sua nuova vita interamente votata ai più deboli.
Ma Margherita scende anche in piazza, quando è necessario, per pacificare gli animi e per rasserenare il turbolento clima politico del suo tempo, ma soprattutto ella si dedica ad una intensa preghiera e ad una grande penitenza che la portano alle più alte vette della mistica, nella Rocca sopra Cortona, dove aveva ricavato una piccola cella in cui vive gli ultimi anni in meditazione e solitudine, nella contemplazione della Passione di Cristo. Lei non scrisse niente, ma le sue esperienze spirituali (visioni e dialoghi con Gesù) furono riportate dal suo biografo e confessore francescano Frà Giunta Bevignati. Margherità morì il 22 febbraio del 1297, ad appena cinquant’anni. Ci vorranno però più di quattro secoli prima che la Chiesa la proclami santa, esattamente nel 1728, ad opera di Papa Benedetto XIII°.
Margherita da Cortona è una figura molto importante per l’Ordine Francescano Secolare e per la spiritualità francescana, tanto che è chiamata la Terza Stella del Francescanesimo, dopo Francesco e Chiara.